Helaas moest ook de Don Bosco groep zijn tol betalen gedurende de vijf jaren van Duitse bezetting van ons land. Op 2 april 1941 werd het spel van verkennen verboden. Onmiddellijk werden de troepeigendommen in veligheid gebracht en niet veel later werd het HK in beslag genomen door de Jeugdstorm-jongeren van de N.S.B. De troep van 24 verkenners bleef echter onverstoord doordraaien, alleen het uniform werd in de kast gehangen. Het was immers verboden om groepsbijeenkomsten te houden. Gedurende de oorlogsjaren was een kleine groep verkenners actief in het op kleine schaal de N.S.B. en Jeugdstorm moeilijk te maken. Dit betrekkelijk onschuldige kattenkwaad monde uit tot een grootschaliger verzet naarmate de onderdrukking heviger werd. Op 25 februari 1944 vond er een overval plaats op het stadshuis in Alkmaar, waarbij de jeugdige verkenners Jan Hoberg en André van Elburg actief betrokken waren. Zij maakte deel uit van de ondergrondse beweging die uit was op vernietiging van het bevolkingsregister. De overval mislukte (verraad) en Jan Hoberg werd gearresteerd en op het politiebureau op brute en lafhartige wijze mishandeld. Hij zat in het 'Oranjehotel' van 12 april 1944 tot 14 april 1944, op welke dag hij op de Waalsdorpervlakte bij Scheveningen werd gefusilleerd. Op dat moment was hij de jongste (19 jaar) van de in Nederland gefusilleerden.

5 Mei 1945, bevrijding van ons land van de Duitse overheersing. De verkenners worden door Vaandrig Emile Wagenaar direct opgetrommeld, nu op een andere zolderkamer, om de B.S. te helpen bij haar werkzaamheden. Begin juni 1945 was het in Café Haring aan de Oude Gracht waar de eerste troepbijeenkomst van onze verkenners was. Nieuwe leden meldden zich alras aan en na een aantal weken bestond de groep uit 118 verkenners, verdeeld over 5 troepen, waaronder land-, zee- en luchtverkenners, 80 welpen verdeeld over 3 hordes en 10 voortrekkers verenigd in de Nicolaasstam. De Welpen hadden hun bijeenkomsten op de zolder van de “Nieuwe Doelen” en de verkenners draaiden in het Patronaatsgebouw aan de Varnebroek. Ondertussen was het Groepscomité, bestaande uit de heren Lissone (voorz.), Berkhout (secr.), Schuyt (penn.), Hermes, Niessen, Overtoom, Hopman Wagenaar en Aalmoezenier Trooster druk bezig met de financiering en de bouw van een nieuw onderkomen aan de Prins Bernhardlaan, naast De Schutterswei, totale kosten Hfl. 6.500,--.

Pas op 8 januari 1950 werd het nieuwe gebouw ingezegend en officieel in gebruik genomen. Tot op de dag van vandaag is dit het HK van de Don Bosco groep Alkmaar. Naast de huisvesting waren er ook financiële en leidingproblemen. Zo werd er een streep gezet onder de zee- en luchtverkenners en werden de 3 welpenhordes samengevoegd tot 2 hordes.